Революция в онкологии: новый алгоритм выявляет уязвимые к лечению опухоли

Ученые из Кембриджского университета создали инновационный алгоритм под названием PRRDetect, который может выявлять опухоли с нарушенными системами восстановления ДНК. Этот инструмент анализирует полные последовательности ДНК раковых клеток и прогнозирует, какие из них с большей вероятностью отреагируют на определенные виды лечения, включая иммунотерапию.

Ученые проанализировали ДНК 4775 опухолей семи типов рака, используя данные проекта "100 000 геномов" от Genomics England. Алгоритм выявляет опухоли с конкретными дефектами восстановления ДНК, которые часто лучше реагируют на целевую терапию. Это открытие может значительно улучшить персонализированный подход к лечению рака и потенциально повысить показатели выживаемости.

Профессор Серена Ник-Заинал, ведущий автор исследования, отметила, что геномное секвенирование становится быстрее и дешевле, приближаясь к тому моменту, когда оно будет таким же обычным, как сканирование или анализ крови. Для эффективного использования геномики в клинической практике необходимы инструменты, предоставляющие значимую информацию о том, как опухоль пациента может реагировать на лечение.

Исследовательская группа изучила особые паттерны в ДНК, созданные так называемыми "вставными" мутациями, при которых буквы вставляются или удаляются из нормальной последовательности ДНК. Они обнаружили необычные закономерности таких мутаций в опухолях с нарушенными механизмами восстановления ДНК, известными как "пострепликативная дисфункция репарации" или PRRd.

Опухоли с PRRd более чувствительны к иммунотерапии, методу лечения, использующему собственную иммунную систему организма для атаки раковых клеток. Ученые надеются, что алгоритм PRRDetect сможет действовать как "металлоискатель", позволяющий выявлять пациентов, у которых лечение иммунотерапией будет более успешным.

Исследование выявило 37 различных паттернов вставных мутаций в семи типах рака. Десять из этих паттернов уже связаны с известными причинами рака, такими как курение и воздействие ультрафиолетового излучения, восемь связаны с PRRd, а остальные 19 паттернов являются новыми и могут быть связаны с еще не полностью изученными причинами рака.